Los datos precisos de la fecha de la fundación de Santiago de Anaya se desconocen, sin embargo, se cree que es de la misma época que Actopan, o sea a mediados del siglo XV, población de la que dependió hasta 1917 en que se constituyó como municipio.
Respecto a la evangelización y a la fundación del convento se dio a través de los frailes Agustinos.
En la época revolucionaria se recuerda que en el templo de Santiago de Anaya, fue ocupado por el ejército villista, desalojando las imágenes religiosas y dividiendo el templo en dos partes, para ocuparlo como caballería y otra como cuarteles.